El Tren Maya ha registrado al menos 25 episodios de fallas eléctricas que han provocado pérdidas de potencia y afectaciones en su operación, pese a tratarse de un sistema ferroviario nuevo.
De acuerdo con reportes sobre su funcionamiento, estas fallas han ocasionado retrasos, interrupciones del servicio y, en algunos casos, pasajeros varados durante varias horas en distintos tramos de la ruta.
Uno de los incidentes más recientes ocurrió en el trayecto Mérida-Cancún Aeropuerto, donde un convoy quedó detenido por una falla en el generador de energía eléctrica. La situación obligó a activar protocolos de atención para los usuarios afectados.
Las fallas han generado cuestionamientos sobre el mantenimiento, supervisión y condiciones técnicas del sistema, principalmente porque se trata de una de las obras prioritarias del gobierno federal y es operada por una empresa bajo control militar.
A pesar de los incidentes, la administración del Tren Maya ha señalado que las situaciones han sido atendidas conforme a los protocolos de seguridad y que se han realizado revisiones para evitar nuevos problemas.
Sin embargo, la acumulación de reportes mantiene la preocupación entre usuarios y especialistas, quienes consideran necesario transparentar los dictámenes técnicos y reforzar las medidas de prevención para garantizar un servicio seguro y confiable.

